El diseño de la muestra de la ENCUP 2008 fue probabilístico, trietápico, estratificado y por conglomerados, donde la unidad última de selección fue una persona de 18 años cumplidos o más al momento de la entrevista.
La ENCUP 2008 fue levantada entre el 3 y el 28 de noviembre. Una parte de la encuesta se levantó en la muestra de la Encuesta Nacional sobre Confianza del Consumidor (ENCO) en el área urbana y el resto en un complemento urbano rural. El tamaño de la muestra calculado para generar estimaciones a nivel nacional fue de cinco mil 46 viviendas. En total se entrevistó a cuatro mil 383 personas de 18 años o más de las 32 entidades federativas. En otras palabras, se entrevistó al 86.9 por ciento de los individuos seleccionados en la muestra.
En el cuestionario de la ENCUP 2008 se incorporaron 41 preguntas nuevas, así como versiones modificadas de 27 que estaban en las tres ediciones anteriores y de ocho que estaban en las ENCUP 2003 y 2005.