Con el fin de dar continuidad al levantamiento efectuado en 2001, así como para integrar series históricas que permitan profundizar los estudios sobre cultura política y prácticas ciudadanas en México, en febrero de 2003 la Dirección General de Desarrollo Político encomendó al INEGI realizar el levantamiento de la ENCUP 2003.
Dicho ejercicio introdujo ciertas innovaciones respecto al diseño de la ENCUP 2001:

El levantamiento de datos de la muestra de la ENCUP 2003 fue realizado por el Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática (INEGI).

El diseño de la muestra fue probabilístico, estratificado y por conglomerados, siendo la vivienda la unidad de selección última y el sujeto de observación el residente habitual de la misma, quien al momento de la entrevista contaba con 18 años o más.

Se realizaron algunas modificaciones al marco muestral con el propósito de facilitar la realización de la reentrevista a las personas encuestadas durante el primer levantamiento en 2001. La selección de la muestra, que incluye a los ciudadanos entrevistados por primera vez, fue extraída aleatoriamente del mismo marco muestral utilizado en el primer levantamiento.

El estudio se realizó durante el mes de febrero de 2003 a través de entrevistas cara a cara, utilizando un cuestionario previamente diseñado para estos fines.

El diseño del cuestionario estuvo a cargo de la Dirección General de Desarrollo Político de la Unidad para el Desarrollo Político de la Secretaría de Gobernación, apoyada por un grupo de académicos expertos en el estudio de la cultura política y el diseño de encuestas.

El cuestionario consta de 74 preguntas, que nos permite explorar las percepciones de los entrevistados relacionadas con los siguientes temas: 1) la política y los asuntos públicos; 2) niveles de información y conocimiento político; 3) interés de la persona por la política; 4) grados de confianza de los ciudadanos en las instituciones políticas y sociales; 5) percepciones sobre la democracia; 6) legalidad, tolerancia, libertad, pluralismo, diálogo y acuerdo; 7) actitudes, inclinaciones y predisposiciones políticas; 8) niveles de acción política, habilidades prácticas y hábitos políticos; 9) participación ciudadana en organizaciones sociales y civiles, y 10) participación electoral.

Se estimó un tamaño de muestra de 5,045 viviendas que se tomaron como unidades muestrales, considerando que en promedio cada vivienda tuviera 2.54 personas mayores de 18 años o más. Sin embargo, el tamaño de la muestra se ajustó a 5,256 viviendas para tener una distribución uniforme por Unidad Primaria de Muestreo.

Dado que se trataba de volver a entrevistar a las mismas personas que en 2001, se previó una tasa de no respuesta mayor a la observada en ese año, por lo que se añadió una sobremuestra a nivel nacional de 200 entrevistas, considerando cambios de domicilio, fallecimiento de los informantes, entre otros.

La muestra se constituyó tomando como base las 3,900 viviendas en las que la entrevista de la ENCUP 2001 se realizó correcta y completamente, a las que se agregaron 1,356 viviendas en forma aleatoria.